解析：
青年女性患者，起病急，病程短，寒颤发热腰痛伴尿频尿急，体温39℃，两侧肋脊角有叩击痛，尿液检查发现镜检红细胞2～5/HP（轻度增高），白细胞10～15/HP（提示泌尿系统感染），诊断应首先考虑急性肾盂肾炎（B对）。急性膀胱炎（A错）主要表现为尿频尿急尿痛等膀胱刺激征，一般无发热等全身感染症状，少数患者出现腰痛、发热，但体温常不超过38℃，而该患者体温39℃，应首先考虑上尿路感染。急性肾小球肾炎（C错）临床表现为血尿、蛋白尿、水肿、高血压，尿液检查可有轻中度蛋白尿、肾小球源性血尿，而该患者无蛋白尿、水肿及高血压等表现，与其表现不符，故应排除。肾结核（D错）多表现为尿频尿急尿痛等膀胱刺激症状，可有低热等表现，而该患者体温为39℃高热，与其表现不符，故应排除。肾结石（E错）主要表现为肾区疼痛伴肋脊角叩击痛，尿液检查时可有血尿，多无寒战高热等全身中毒症状，与该患者表现不符，故应排除。