解析：
慢性肾盂肾炎的诊断标准：除反复发作尿路感染病史之外，尚需结合影像学及肾功能检查。（1）肾外形凹凸不平，且双肾大小不等；（2）静脉肾盂造影可见肾盂、肾盏变形，缩窄；（3）持续性肾小管功能损害。具备上述第（1）（2）条中的任何一条再加第（3）条可诊断慢性肾盂肾炎。由此可见对诊断慢性肾盂肾炎最有意义持续性肾小管功能损害（E对），是由于病原菌等因素持续刺激破坏肾组织而导致的。尿频尿急尿痛反复发作（A错）可见于慢性肾盂肾炎反复急性发作，也可见于反复发作性膀胱炎，因此没有特殊意义。清洁中段尿细菌培养计数＞10⁵/ml（B错）说明尿路存在感染。畏寒发热，尿白细胞数增高（C错）见于急性尿路感染。尿亚硝酸盐还原试验阳性（D错）只能证明泌尿系统存在大肠杆菌等肠杆菌科感染。因此，本题除了E选项外，均不能证明慢性肾盂肾炎的存在。