解析：
女，28岁（育龄期女性是异位妊娠好发人群）。既往月经规律，现停经45天（停经史是异位妊娠患者典型临床表现），发现阴道流出少量咖啡色物2天（阴道流血是异位妊娠患者典型临床表现），无腹痛，尿hCG(+)（提示患者有妊娠，是支持异位妊娠的重要诊断依据）综上所述，该患者最可能的诊断是异位妊娠，因此该患者最重要鉴别的疾病是异位妊娠（B对），子宫内膜癌（A错）主要表现为绝经后阴道流血，好发人群为中老年妇女。子宫颈癌（C错）常表现为接触性出血，且尿hCG检查为阴性，子宫肌瘤（D错）主要表现为月经量增多和经期延长、下腹包块和白带增多以及压迫症状等，功能失调性子宫出血（E错）以月经紊乱为主要临床表现，妇科检查无异常发现，诊断性刮宫和活组织检查可以确诊。