解析：
中年男性患者，诊断为胃溃疡穿孔，最佳的治疗方法是胃大部切除术（D对），可以一次性解决穿孔和溃疡两个问题。非手术治疗（A错）仅适用于症状较轻或病程超过24小时且腹部体征缓解者或不能耐受手术的患者，亦可作为术前的准备工作。由于穿孔修补术后仍需抗溃疡药物治疗，故不作为最佳的治疗方法（B错）。由于全胃切除术使原有生理功能发生较大改变，术后并发症多，现较少使用（C错）。选择性迷走神经切断术（E错）可用于治疗十二指肠溃疡，但由于复发率较高，现已很少使用。