解析：
第一空，横线处要表达“在信息技术与制造业的融合，制造模式、生产组织方式和产业形态的深刻变革的大背景大环境下，智能制造就产生了”之意， D项“应运而生”，即适应时机而产生，均符合文意，当选。A项“水到渠成”意为条件成熟，事情自然会成功”文段介绍的是“新一代信息技术与制造业的深度融合，带来了制造模式、生产组织方式和产业形态的深刻变革”这个大背景、大环境而非 “智能制造”成功的条件，另外文段没有“成功”之意，排除；B 项“水涨船高”意为事物随着它所凭借的基础的提高而增长提高，C项“一日千里”比喻进展极快，“提高”“ 进展极快”文段并未体现，文意不符，排除。
第二空，代入验证,D项”“贯穿”意为穿过，连通，“贯穿于各个环节”搭配恰当。
故正确答案为D。
【文段出处】《IGI-CCID：2016中国智能制造的十大变革趋势》