解析：
患儿，发热3天，并且咽部有充血、咽峡及软腭部有疱疹及溃疡，由此应诊断为疱疹性咽峡炎，一般导致疱疹性咽峡炎的病原体是柯萨奇病毒（C对）。金黄色葡萄球菌一般引发的是细菌性肺炎（A错）。导致咽结合膜热的病原体是腺病毒（B错）。副流感病毒（D错）和流感病毒（E错）是引起流行性感冒的病原体。