解析：
青年男性患者，间断腹痛（克罗恩病的最常见症状）、发热（全身表现）3年，结肠镜检查：回肠末段（克罗恩病的好发部位）纵型溃疡，周围黏膜铺路石样改变（克罗恩病的结肠镜表现为纵行溃疡和裂隙溃疡、鹅卵石征，病变间的黏膜正常）。综合该患者的病史、结肠镜检查，考虑诊断为克罗恩病。克罗恩病的组织学特点有裂隙溃疡、非干酪性肉芽肿（C对）、黏膜下层淋巴细胞聚集。隐窝脓肿（A错）、杯状细胞减少（B错）是溃疡性结肠炎的病理改变（P388）。干酪样肉芽肿（D错）是肠结核的病理改变（P380）。包涵体（E错）多见于病毒感染。