解析：
泌尿系统结石的治疗方法主要取决于结石大小和部位。其中，肾结石的治疗原则是：直径＜0.6cm的结石，可行药物治疗；0.6cm≤直径≤2cm的结石，行体外冲击波碎石（ESWL）；＞2cm的结石，行经皮肾镜碎石取石术（PCNL）。该患者结石直径3.5cm，位于肾盂，故应选择的治疗方法是经皮肾镜碎石（E对）。输尿管软镜激光碎石（A错）主要用于肾结石（＜2cm）的治疗。经输尿管镜碎石（D错）主要用于中、下段输尿管结石的治疗。