解析：
第一空，根据转折关联词“但”可知，前后语义相反，故空格处应填入与“工程量非常大”的语义相反的词语，B项“平常”与C项“普通”，无法构成语义相反，排除。
第二空，横线处形容天气预报，D项“精准”语义较之A项“准确”语义更为丰富且程度更重。
第三空，如果大气运动“无迹可寻”，人们根本就无法预报天气，排除A项。正是由于大气运动“错综复杂”，所以不容易做出“精准”的天气预报，D项符合句意。
故正确答案为D。