解析：
苯丙氨酸在苯丙氨酸羟化酶的作用下生成酪氨酸，酪氨酸可在酪氨酸羟化酶的作用下生成多巴胺、去甲肾上腺素等神经递质；也可在酪氨酸酶的作用下生成黑色素。患儿智能落后、反复惊厥、肌张力高、膝反射亢进，提示神经系统功能障碍；毛发棕黄，提示有黑色素合成障碍，考虑由苯丙氨酸羟化酶缺乏，不能将苯丙氨酸转化为酪氨酸所致。由于苯丙氨酸不能被羟化生成酪氨酸，只能通过旁路代谢，由苯丙氨酸转氨酶催化生成苯丙酮酸，苯丙氨酸及其代谢产物苯乙酸通过尿液排出，可与三氯化铁结合使之显绿色。根据上述症状、体征及实验室检查结果，考虑诊断为苯丙酮尿症（A对）。肝糖原累积症（P163）（E错）有体格发育障碍，无鼠尿味尿。半乳糖血症（B错）为血半乳糖增高的中毒性临床代谢综合征。高精氨酸血症（C错），也称精氨酸酶缺乏症，或精氨酸血症，是尿素循环异常症的一种，较罕见。组氨酸血症（D错），也称作组氨酸尿症，是一种罕见的常染色体隐性遗传病，由于缺乏组氨酸酶导致血液中组氨酸浓度升高，一般不会引起健康问题。