解析：
第一步：抓住定义中关键词。
定义的关键词有“事实无法查清或查清事实所需成本过高”、“有利于被告”。
第二步：逐一判断选项。
A项“因缺少直接证据证实被告人有罪”有利于被告，符合“事实无法查清或查清事实所需成本过高”，符合定义；
B项“无法确定某犯罪行为是否超过追诉时效时”显然不符合“有利于被告”；
C项“认为被告人犯罪情节显著轻微”说明事实已经查清；
D项“存在疑问时，发回公安机关补充侦查”并未直接判决，说明对被告不利。
B、C、D项均不能说明“事实无法查清或查清事实所需成本过高”。
故正确答案为A。