解析：
第一步：分析题干，找到论点和论据。
论点：恐龙不是冷血动物，而是温血动物。
论据：（1）恐龙都是直立的；（2）恐龙的骨组织构造与温血哺乳动物的骨组织构造相似；（3）恐龙的肺部结构和温血动物非常相近；（4）在现代的生态系统中，温血的捕食者与被捕食者之间的比值是一个常数，与北美洲恐龙动物群的统计显示其中捕食者和被捕食者之间的比例近似。
第二步：逐一判断选项的作用。
A项：“有些海龟组织构造与哺乳动物类似，却是冷血动物”，这构成了对论据（2）的反驳，因此削弱题干推理；
B项：“鲸类等海生哺乳动物并不是直立的，却是温血动物”，这对论据（1）不能构成反驳，如果要构成反驳，应该说：虽然某种动物是直立的，却不是温血的，因此最不能反驳题干推理；
C项：“关于北美洲恐龙动物群捕食者和被捕食者比例的统计有随意性”，这构成了对论据（4）的反驳，因此削弱题干推理；
D项：“冷血动物和温血动物生理结构上的主要差别在于心脏结构而非肺部结构”，这构成了对论据（3）的反驳，因此削弱题干推理。
故正确答案为B。