解析：
正常3岁儿童（P010）体重应达到14kg，身高达到95cm，题中小儿体重比正常体重减轻超过40%，应诊断为营养不良（D对）。先天性甲状腺功能减低症（P429）（A错）通常表现为腹胀、便秘等。营养性贫血（P354）（B错）则通常有心率脉搏增快，甚至出现心衰表现。长期的婴幼儿腹泻（P251）（C错）是引起营养不良（D对）病因之一。作为诊断，D选项更准确。小儿心功能不全（E错）症状与成人相似，主要为乏力、活动后气急，安静时心率、脉搏增快，呼吸浅快。