解析：
第一步：找出定义关键词。
“对一类事物或现象的性质或发生原因做出推测性解释”、“得出一个可能具有普遍性意义的规律性命题”、“从而试图建立、发展或补充科学理论”。
第二步：逐一分析选项。
A项：老师向学生解释潮汐产生的原因，是对该现象产生原因的直接解释，而非推测性解释，不符合“对一类现象的发生原因作出推测性解释”，不符合定义，排除；
B项：某仓库被盗，侦查人员认为是内部作案，某仓库的情况是个例，不符合“对一类事物或现象的发生原因作出推测性解释”，也没体现“得出一个可能具有普遍意义的规律性命题”，不符合定义，排除；
C项：牛顿发现了万有引力定律，发现一词说明万有引力定律是已经确定成立的定律，而非推测性解释，也不符合“得出一个可能具有普遍意义的规律性命题”，不符合定义，排除；
D项：由基因导致的疾病“可能”都是由于基因突变引起的，是对此类疾病发生原因的推测性解释，而且由基因导致的疾病可能都是基因突变这一原因，也是一个可能具有普遍意义的规律性命题，符合定义，当选。
故正确答案为D。