解析：
中年女性患者，间断发热、腰痛伴尿频2年（反复发作尿路感染病史），每次发作应用抗生素治疗可好转（提示应为细菌感染所致），近半年来夜尿增多（提示肾小管浓缩功能持续受损），尿常规无异常，静脉肾盂造影见肾盂肾盏狭窄变形，肾小盏扩张。综合患者的临床表现、病程、治疗过程、实验室及影像学检查，首先考虑的诊断是慢性肾盂肾炎（D对）。慢性肾炎（A错）表现为蛋白尿、血尿、高血压、水肿，而无发热、腰痛伴尿频，且抗生素治疗无效。肾积水（B错）因病因及梗阻部位及发生快慢而临床表现有所不同，但静脉肾盂造影常之间肾盂肾盏扩张。肾囊肿合并感染（C错）静脉肾盂造影可见憩室内有造影剂。肾结核（E错）有典型的结核中毒症状及膀胱刺激征。