解析：
患者为中年男性，低热伴咳嗽3周，咳少量白痰，抗生素治疗无效（抗生素对治疗肺结核无效），胸部X线片示右下叶背段斑片状影，有多个不规则空洞，无液平面，根据其临床表现和辅助检查，疑诊肺结核。为明确诊断应首选痰结核分枝杆菌检查，痰涂片抗酸染色（B对）可找到抗酸杆菌，由于非结核性分枝杆菌致病的机会非常少，因此可初步确定为结核性分枝杆菌感染。分枝杆菌属的细菌细胞壁脂质含量较高，约占干重的60%，特别是有大量分枝菌酸包围在肽聚糖层的外面，可影响染料的穿入，故一般痰涂片革兰染色（A错）效果不佳。支气管镜（C错）、胸部CT（E错）可以作为肺结核的辅助诊断以了解病情发展，但不能确诊。肺结核为细菌感染，因此痰真菌培养（D错）对疾病诊断无意义，主要用于诊断真菌性肺炎。