解析：
本题考查近义实词的辨析填空。首先看第一空，从“认真思考”可知，要选择语义重一些的词语，因此选“甄别”或“鉴别”。“识别”指区分真假；“辨别”指对不同的事物在认识上加以区别，两者均不需要“认真思考”，故不选。“鉴别”指审查辨别；“甄别”强调认真、慎重的鉴别，两者需要“认真思考”，排除A、C两项，在B、D两项中选择。再看第二空，从“开始怀疑资产阶级共和国的救国方案”可知，“弊端”一词程度相对较重，且含有一定的贬义，用在此处比“矛盾”合适，所以第二空选填“弊端”，D项符合题意。
故正确答案为D。