解析：
第一步：分析题干。
本题需要解释的矛盾是：本地区空气中的二氧化硫含量已经降低了，但是酸雨的频率却上升了。
第二步：逐一分析选项。
A项只是介绍二氧化硫的来源，无法解释矛盾，不正确；
B项谈到效果经过一段时间才能显现，不能解释为何酸雨的频率却上升的事实，所以也不正确；
C项二氧化硫在污染物中的含量不变，无法解释酸雨的频率上升，不正确；
D项说“机动车的大量增加加剧了氮氧化物的排放，而氮氧化物也是造成酸雨的重要原因”，这就很好地解释了题干中的矛盾；既然本地区空气中的二氧化硫含量已经降低了，那么必定有其他的原因“导致了酸雨的频率上升”，正确。
故正确答案为D。