解析：
中年男性患者，既往有30年吸烟史，支气管镜活检不见正常的假复层纤毛柱状上皮，而见鳞状上皮被覆，此种病理变化应考虑为支气管黏膜（鳞状上皮）化生（A对）。支气管粘膜肥大（B错）是指支气管腺体或管腔被覆细胞的体积增大；支气管黏膜萎缩（C错）是指支气管腺体或管腔被覆细胞的体积缩小；两者均可见于支气管的慢性炎症（P00169）病变中。支气管鳞状细胞癌（D错）和支气管腺癌（E错）均为支气管的恶性肿瘤（P0095），活检均可见细胞异型性明显、核大深染、核分裂象增多等。