解析：
第一空，根据横线后可知，空间规划是按照从小到大的顺序来的，B项“部分”，指整体中的局部，整体里的一些个体，D项“维度”，为几何学及空间理论的基本概念，均不符合文意，排除；A项“层次”，指同一事物由大小、高低等不同而形成的区别，C项“层级”，即层次、级别，在层次的基础上，进行分级，均符合文意，保留
第二空，A项“调查”与C项“梳理”填入文段，搭配均可，保留；
第三空，根据前文“很多概念的内涵和边界不够清楚”可知，强调给具体操作过程中，即实际规划和建设来带的影响，C项“混乱”是指无条理，无秩序，符合文意，当选；A项“阻碍”是指阻挡住，使不能顺利通过或发展，文段并未提及“实际规划和建设”无法发展，与文意不符，排除。
故正确答案为C。
【文段出处】《走出“单体城市”推进大都市圈规划建设》