解析：
第一空，根据词语的固定搭配，排除C项“深入”，可以说“深入到心灵层面”，但“深入”与“心灵层面的东西”便无法搭配了。
第二空，与后文“令人敬畏”的大自然对应，带着“敬意”去拍摄更为恰当。
第三空验证，“沧桑”的历史能够体现强烈的主观色彩，较之于B项的“变迁”和A项的“悠久”来说，“沧桑”更有意味，更符合语境。
故正确答案为D。