解析：
患者青少年女性，发热伴头痛，恶心2天（流行性乙型脑炎常见症状），于8月10日入院（7、8、9月为流行性乙型脑炎高发时期），呕吐3次，为胃内容物，T39.6℃（高热，正常为36-37℃），精神萎靡，定向力差，颈抵抗（+），克氏症及巴氏征均阳性（脑膜刺激征，可见于流行性乙型脑炎），综合患者病史、症状及体征，诊断考虑流行性乙型脑炎，病变最严重的的部位为大脑皮质及丘脑（D对）。