解析：
本题考查法律常识。
A项：《物权法》第二百三十条规定：“债务人不履行到期债务，债权人可以留置已经合法占有的债务人的动产，并有权就该动产优先受偿。”A选项中，李女士送修电动车后拒不支付修车费，即属于债务人不履行到期债务，店老板留置电动车，即属于债权人留置已经合法占有的债务人的动产，该情形符合《物权法》中留置权的相关规定，而留置权属于担保物权。
B项：《物权法》第二百零八条规定：“为担保债务的履行，债务人或者第三人将其动产出质给债权人占有的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现质权的情形，债权人有权就该动产优先受偿。”B选项中，为担保债务的履行，小张将祖传玉镯交与老刘，并且约定如未来小张不能履行到期债务，则老刘有权变卖玉镯并获偿。该情形符合《物权法》中质权的相关规定，而质权属于担保物权。
C项：《物权法》第一百七十九条规定：“为担保债务的履行，债务人或者第三人不转移财产的占有，将该财产抵押给债权人的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，债权人有权就该财产优先受偿。”C选项中，某银行向购房人王先生发放了一笔按揭贷款，贷款期限25年。这是债务人，即王先生，将所购房屋抵押给贷款银行的行为，而房屋由于不转移占有，故王先生与贷款银行发生抵押关系。该情形符合《物权法》中抵押权的相关规定，而抵押权属于担保物权。
D项：《物权法》第一百三十五条规定：“建设用地使用权人依法对国家所有的土地享有占有、使用和收益的权利，有权利用该土地建造建筑物、构筑物及其附属设施。”故某公司在地方政府组织的拍卖会上拍得土地，用于日后的商业开发，这属于建设用地使用权。而建设用地使用权属于用益物权。
本题中A项、B项、C项中涉及的权利均为担保物权，而D项涉及的权利为用益物权。D项所反映的权利类别与其他三项不同。
故正确答案为D。