解析：
第一步：找出论点和论据。
论点：距今约5000万年前，生活在马达加斯加岛上的环尾狐猴、狐蝠以及其他哺乳动物的祖先当年乘坐天然的“木筏”，来到了马达加斯加这座位于印度洋的岛屿上。
论据：无。
第二步：逐一分析选项。
A项：5000万年前，两个大陆板块周围的洋流向东流动，能够流向马达加斯加为这些动物能够顺着洋流来到马达加斯加提供了必要的条件，可以支持，排除；
B项：小型的哺乳动物能够在没有食物和淡水的情况下存活数周，这些动物能够活下来才能够到马达加斯加繁衍生息，补充了必要条件，可以支持，排除；
C项：在从非洲大陆东南部到马达加斯加的动物中，是没有超重超大的哺乳动物，如果在这群动物中有这种超重超大的动物，那么它们是不能够利用大原木或者是漂浮的植被漂流到马达加斯加的，所以是这种理论成立的必要条件，可以支持，排除；
D项：非洲大陆和马达加斯加之间的距离和今天的不同，距离的不同不能表明这些动物是否是乘坐天然木筏到的马达加斯加，所以不能支持，当选。
本题为选非题，故正确答案为D。