解析：
细菌培养（B对）和病毒分离（A对）属于分离培养病原体，是传染病病原学的检查方法。病原体核酸检测（C对）属于检测特异性核酸，它和特异性抗原检测（D对）也都属于传染病病原学检查方法。粪便涂片革兰染色（E错，为本题正确答案）属于一般实验室检查。