解析：
患儿，生长发育低下、智力低下、消化能力低下，并且有鼻梁低平、舌体宽厚、常伸出口外的特殊面容，应诊断为先天性甲状腺功能减低症，先天性甲状腺功能减低症影响患儿机能的主要原因是甲状腺激素减少，因此最佳的方案应该是补充甲状腺激素（D对）。患儿已出现了智力低下，以及特殊面容，应该积极治疗，不能不采取特殊的治疗（A错）。补充生长激素是治疗生长激素减少得患儿，也能改善先天性甲状腺功能减低症患儿生长发育方面的问题，但对智力发育的改善没有作用（B错）。补充碘剂是治疗地方性甲状腺肿的措施（C错）。先天性甲状腺功能减低症的根本原因是甲状腺激素不够，因此补充多种维生素并起不到关键的作用（E错）。