解析：
患儿，生长发育低下、智力低下、消化能力低下，并且有鼻梁低平、舌体宽厚、常伸出口外的特殊面容，应诊断为先天性甲状腺功能减低症（B对）。骨软骨发育不良（D错）和黏多糖病（A错）都是骨骼系统病变，不会有智力方面的改变。21-三体综合征虽然也会有智力障碍，但是还有另一个典型的特征：通贯掌，该患儿无此特征，因此不能诊断为21-三体综合征（C错）。先天性巨结肠是消化系统病，可有腹胀、便秘的表现，然而不会有智力低下的特征（E错）。