解析：
根据文段“认清区域内污染源的共性及差别”可知，横线处表达要抓住区域内的共性问题集中治理，对于有差别的问题要分别处理，即强调要有针对性地解决问题，D项“有的放矢”比喻说话做事有针对性，符合文意。
A项“因地制宜”指根据各地具体情况制定适宜的办法，仅对应文段提到的“差别”，故表述片面，且文段仅提到京津冀地区这一整体，并无与其他地区的对比，故与文段不符，排除；B项“正本清源”指从根源上加以整顿清理，填入文段与后文“污染源”语义重复，排除；C项“齐心协力”指认识一致，共同努力，仅能表达对于“共性”问题的态度，故表述片面，排除。
故正确答案为D。
【文段出处】《京津冀大气一体化，该如何联动》