解析：
第一空，转折前强调收藏化石是一种保护，转折后语义相反，C项“不幸”填入此空程度过重，且“不幸”多形容已经发生的事情，而文段主要讨论的是“化石收藏”这种方式的好坏，不表示已经发生，排除。D项，“尴尬”指行为、身态不正常，侧重于强调难为情，与文意不符，排除。
第二空，根据“这就像吃鱼翅的人越多，遭到杀戮的鲨鱼就越多一样”的解释并非强调这种方式不可“复制”，排除A项。B项“鼓励”一词可表达这种方式固然好，亦有弊端，符合文意。
故正确答案为B。
【文段出处】《古生物化石的隐秘流通》