解析：
第一步，判断题干词语间逻辑关系。由题意可知，“小麦”是“馒头”的原料。第二步，判断选项词语间逻辑关系。A项错误，麝香的原料来自麝鹿，不是麋鹿；B项错误，叶绿体是细胞的组成部分，不是原料；C项错误，乌贼不是墨汁的原料；D项正确，棉花是布鞋的原料。
故正确答案为D。