解析：
“大胆地假设，小心地求证”概括了科学研究的两个基本步骤，由此可知，第一空对应“大胆地假设”，表达提出新问题、新想法的意思。A 项“去粗取精”强调除去杂质，留取精华，与文意不符，排除。C 项“吐故纳新”现多用来比喻扬弃旧的、不好的，吸收新的、好的，文段没有扬弃旧东西的意思，排除。
第二空，对应前文“小心地求证”。D 项“去伪存真”指除掉虚假的，留下真实的，符合文意，当选。B 项“革故鼎新”指去除旧的，建立新的，文段没有新旧之意，排除。
故正确答案为D。