解析：
根据《突发公共卫生事件应急条例》规定，卫生行政部门接到传染病菌种丢失，向本级人民政府报告时限是2小时（B对）。而省、自治区、直辖市人民政府应当在接到报告1小时（A错）内，向国务院卫生行政部门报告。