解析：
按照内部控制本质上的不同，可以把内部控制缺陷分为设计缺陷和运行缺陷。设计缺陷是指企业缺少为实现控制目标的必须控制，或现存的控制并不合理及未能满足控制目标。运行缺陷是指设计合理及有效的内部控制，但在运作上没有被正确地执行。案例中，采购部门没有按照制度规定进行公开招标，属于制度已被正确设计但未被正确执行，因此是运行缺陷，选项B正确。