解析：
作出函证决策时，注册会计师应当考虑三个因素：第一，评估的认定层次重大错报风险（选项A正确）；第二，函证程序针对的认定（选项C正确）；第三，实施除函证以外的其他审计程序。除上述三个因素外，注册会计师还可以考虑下列因素以确定是否选择函证程序作为实质性程序：（1）被询证者对函证事项的了解。（2）预期被询证者回复询证函的能力或意愿。（3）预期被询证者的客观性（选项D正确）。所以注册会计师需要考虑的是被询证者的配合程度，而不是被审计单位的配合程度，选项B不正确。