解析：
第一步：找出题干矛盾。
通过收取费用的方式让家长早接孩子，但是收费后晚接孩子的家长数量不减反增。
第二步：逐一分析选项。
A项：收费低对原本晚接孩子的家长无影响，可以解释为什么人数没有减少，但是无法解释为什么人数增加，不能解释题干矛盾，排除；
B项：该项说的是个别家长抗议收费而晚来接孩子，但是无法解释清楚为什么晚接孩子的家长数增加了，不能解释题干矛盾，排除；
C项：该项解释了家长晚来接孩子的原因，与题干幼儿园收费无关，不能解释题干矛盾，排除；
D项：该项说明幼儿园对晚接孩子进行收费后，将这种行为合理化，更多的家长心安理得的晚来接孩子，可以解释为什么晚接孩子的人不减反增，当选。
故正确答案为D。