解析：
第一空，根据“人类有可能回到没有抗生素的时代”可知，强调的是含耐药基因的微生物在自然界中特别多。C项“千差万别”形容种类多，差别大，侧重强调的是“差别大”，而非“数量多”，排除。
第二空，根据文意可知，横线处所填词语应与“轻微”形成反义对应关系，强调后果非常严重。A项“意外”指意料之外、料想不到，不体现后果的严重性，排除；B项“可怕”相较于D项“致命”而言程度较轻，且D项“致命”中“导致丧命”的语义与细菌感染所引发的可能让人类丧命的严重后果对应更加明确，排除B项。
故正确答案为D。
【文段出处】《抗生素耐药性 到底是个啥？》