解析：
（1）企业通过市政府向灾区捐款100万元，属于公益性捐赠支出，在年度利润总额12%以内的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除，该笔捐赠的税前扣除限额=1000×12%=120（万元），实际捐赠额为100万元，可以全额在税前扣除；
（2）直接向受灾小学捐款的20万元不得在税前扣除，应调增应纳税所得额20万元；
（3）该企业2013年度应纳税所得额=1000+20=1020（万元）。
【注意】2018年教材新增：企业符合条件的公益性捐赠超过年度利润总额12%的部分，准予结转以后三年内在计算应纳税所得额时扣除。但不影响此题答案。