解析：
第一空，文意强调现在的科学家在做研究时不考虑现有学说的合理性，就直接以其为依据，从未想过去质疑它。C项“纠结”与此文意不符，故排除。
第二空，由“只是试图用实验结果来证明这些假说的合理性，而不是……”可知，第二空与“证明”语义相反，A项“否定”、B项“反驳”均可，D项“排斥”搭配不当，故排除。
第三空，对比A、B两项，“相去甚远”与“背道而驰”差别在于轻重程度不同，前者仅指差别较大，后者强调与正确的方向和原则完全相反。文中主语为“假说”，称之与“符合客观实际、逻辑严谨、没有矛盾的要求”完全相反程度过重，故排除B项。
故正确答案为A。