解析：
A项：2006年前三个月的累计港口货物吞吐量为2379.6万吨，很明显，月均吞吐量不到800万吨，A错误；
B项：从上一小题可知，2007年全年港口集装箱月平均吞吐量为8.81万吨，第一季度的集装箱吞吐量都低于全年平均水平，B错误；
C项：2006年4月到2006年12月间港口货物吞吐量依次为4月；5月；6月；7月；8月；9月；10月；11月；12月。所以2006年月间港口集装箱吞吐量低于6万吨的月份有2个，C错误；
D项：2006 年第四季度的所有月份港口货物吞吐量依次为10月；11月；12月。2007年第四季度的所有月份港口货物吞吐量依次为871.1、905.2、916.1，所以2007 年第四季度的所有月份港口货物吞吐量均比上一年同期有所下降。
故正确答案为D。