解析：
从表中第二列可以看出，2007年有9个月份的港口货物吞吐量高于900万吨，表中第四列，后项减前项，可知从2006年4月到2006年12月间港口货物吞吐量依次为：
4月；
5月；
6月；
7月；
8月；
9月；
10月；
11月；
12月。
所以2006 年有3个月份的港口货物吞吐量高于900万吨，则2006年4月到2007年12月间，港口货物吞吐量高于900万吨的月份有12个。
故正确答案为C。