解析：
水电站工程竣工验收由工程建设的审批部门负责；在库区移民、环保、消防、劳动安全与工业卫生、工程档案和工程决算各专项验收完成的基础上，由项目法人向项目审批部门提出竣工验收申请报告，由项目审批部门组织竣工验收。
故本题选B。