解析：
永久性水工建筑物级别

工程等别	主要建筑物	次要建筑物	工程等别	主要建筑物	次要建筑物
Ⅰ	1	3	Ⅳ	4	5
Ⅱ	2	3	Ⅴ	5	5
Ⅲ	3	4

根据《水利水电工程等级划分及洪水标准》SL252－2000的规定，水利水电工程的永久性水工建筑物的级别为Ⅱ等，其主要建筑物级别为2级，其次要建筑物级别应为3级。
故本题应选B。