解析：
机电工程注册建造师应按《注册建造师执业管理办法（试行）》（建市[2008]48号）的规定在其注册证书所注明的专业范围内从事建设工程施工管理活动，并按照该《办法》附件《注册建造师执业工程范围》执行。担任大中型机电工程施工项目负责人，必须由本专业注册建造师担任。一级注册建造师可担任大、中、小型工程施工项目负责人，二级注册建造师可以承担中、小型工程施工项目负责人。机电工程注册建造师不得同时担任两个及以上建设工程施工项目负责人，但是发生下列情形之一的除外：同一工程相邻分段发包或分期施工的；合同约定的工程验收合格的；因非承包方原因致使工程项目停工超过120天（含），经建设单位同意的。
因此，本题机电工程注册建造师不得同时担任两个以上建设工程项目负责人，同一工程分期施工的除外。所以正确选项为D。