解析：
对比选项，确定首句，①句出现指代词“当时”，而①句中并未指明其指代内容，故①句不适合作为首句，排除D项；②、④、⑥句中均出现明显时间引导词“中世纪”“现在”“19世纪”，但因②句中论述话题为“平面化城市”，与④、⑥句所论述话题“巴黎”不一致，故使用时间顺序只可判断出⑥句在④句之前，由此可排除B项。
对比A、C两项，首句不好判断，可对比尾句，尾句分别为①、④句，①句中介绍“当时规划了一座地下之城，发展成立体城市”，④中介绍“现在地上···，地下···”，由两句话之间的逻辑关系可知应该先规划，然后再呈现出现在的城市格局，由此判断①句在④句之前，排除A项。
故正确答案为C。
【文段出处】《下水道系统中的另一个巴黎》