解析：
选项A，仓库保管人员的工资计入管理费用；选项B，制造费用是一项间接生产成本，最终计入存货成本；选项 C，未使用管理用固定资产计提的折旧计入管理费用；选项 D，采购运输过程中因自然灾害发生的损失计入营业外支出。