解析：
书证应当提交原件。物证应当提交原物。提交原件或者原物确有困难的，可以提交复制品、照片、副本、节录本。故A错。
证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据应当保密，需要在法庭出示的，不得在公开开庭时出示。未经质证的证据，不能作为认定案件事实的依据。故B错，D正确。
由于公证机构对于申请的事项要经过审查才能按法定程序制作公证证明，因此，公证机构作出的证明，一般都具有真实性和可靠性，法院应当将公证证明作为认定事实的依据。但是，根据民事诉讼法的规定，一切证据必须经过法定程序查证属实，才能作为认定事实的根据。故C错。