解析：
A项：材料中未给出2016年末重点企业手持船舶订单的相关数据，无法推出，错误；
B项：定位材料第二段可知，2017年1~2月，全国承接出口船订单191万载重吨；定位材料第四段可知，2017年1~2月，重点企业承接出口船订单171万载重吨，则非重点企业承接出口船订单为万载重吨，错误；
C项：定位文字材料第一段可知，2017年2月末全国手持船舶订单同比下降；定位文字材料第三段可知，重点企业手持船舶订单同比下降，下降幅度，则重点企业手持船舶订单同比降幅高于全国平均水平，错误；
D项：两期比重问题，只需要比较部分增长率和总体增长率的大小即可。定位材料第四段可知，2017年2月末，重点企业手持出口船订单同比增长率为；定位材料第二段可知，全国手持出口船订单同比增长率为，部分增长率小于整体增长率，则比重低于上年同期，正确。
故正确答案为D。