解析：
本题为分组分类题目。观察已知图形每个图形中都有小黑点考虑功能元素。功能元素具有标记作用。观察小黑点在图形中的位置发现：①③⑤图形中小黑点在线上，②④⑥图形中小黑点在交点上。即①③⑤一组，②④⑥一组。
故正确答案为D。