解析：
境内未设立机构、场所的非居民企业，应当就其来源于中国境内的所得，减按10%的税率征收企业所得税。该业务属于甲企业来源于我国的特许权使用费所得，因此甲企业在我国应当缴纳的企业所得税税额=1000×10%=100（万元）。