解析：
除专用合同条款另有约定外，竣工结算申请单应包括以下内容：
（1）竣工结算合同价格。（2）发包人已支付承包人的款项。（3）应扣留的质量保证金。已缴纳履约保证金的或提供其他工程质量担保方式的除外。（4）发包人应支付承包人的合同价款。